يواجه نظام الكونفدرالية السياسية العديد من القضايا الأمنية، ومنها:
1- الاستقرار السياسي: يعد الاستقرار السياسي هو العنصر الأساسي للأمن الداخلي، ويمثل التغيير المفاجئ في النظام السياسي تهديدًا للاستقرار والأمن الداخلي.
2- التطرف والإرهاب: يعتبر الإرهاب والتطرف التهديد الأكثر إلحاحًا للأمن الداخلي، حيث يتم استخدام العنف والتهديد الإرهابي لتخويف الناس وإرباك الحكومة.
3- الهجرة غير الشرعية: يتمثل تدفق اللاجئين غير الشرعيين إلى البلد ضمن المشكلات الأمنية الحرجة، وسيتطلب الأمر حلولاً لحماية الحدود وضمان عدم دخول الأشخاص الخطرين والمجرمين.
4- الجريمة المنظمة: تشير الجريمة المنظمة إلى الجماعات المجرمة المنظمة، وتشمل بشكل رئيسي الاتجار في المخدرات والأسلحة والاتجار بالبشر.
5- الأمن الإلكتروني: يعد الأمن الإلكتروني متناميًا بشكل كبير، حيث يتم الاعتماد بشكل متزايد على التقنيات الرقمية والإنترنت في الحياة اليومية، وبالتالي فإن حماية البنية التحتية الرقمية للدولة والشركات والأفراد تعد أمرًا مهمًا.