الفصل المغناطيسي هو عملية فصل الجسيمات الصلبة أو السائلة المغناطيسية بواسطة حقل مغناطيسي. ويتم ذلك عن طريق إدخال المواد المراد فصلها في مجال مغناطيسي قوي، فيما تصبح الجسيمات المغناطيسية ممغنطة و تجذب إلى القطب المعاكس من المغناطيس، بينما تدفع الجسيمات الغير مغناطيسية أو ذات المغناطيسية الضعيفة للخارج.
يُستخدم الفصل المغناطيسي في عمليات الصناعة لفصل المعادن المغناطيسية، مثل الحديد والنيكل والكوبالت، ويمكن استخدامه أيضًا في فصل العناصر الكيميائية المغناطيسية المختلفة في المزيج.