تعتمد توزيع الموارد المائية في الأنظمة البيئية المائية على العديد من العوامل. ومن أهم هذه العوامل:
1- المناخ: يلعب المناخ دورًا حاسمًا في توزيع الموارد المائية حيث يؤثر على كمية الأمطار وتوزيعها وسرعة تبخر الرطوبة وذوبان الثلوج.
2- الأرضية: تعتبر الأرضية من العوامل الرئيسية في تحديد كمية وتوزيع المياه حيث تحتوي بعض المناطق على أراضي صخرية ملساء تمنع امتصاص المياه وتدفعها للتجمع في الوادي أو المجرى المائي.
3- الجبال: يؤثر تضاريس الجبال على تدفق المياه حيث تعمل السلاسل الجبلية على استقطاب السحب الماء وجعلها تتساقط في شكل أمطار في الجزء العلوي من الجبل.
4- المياه الجوفية: تؤثر المياه الجوفية على توزيع الموارد المائية حيث يمكن استخراج المياه الجوفية بشكل مباشر أو تجمعت تحت الأرض وتندفع إلى المجاري المائية.
5- المسطحات المائية: تشمل الأنهر والبحيرات والمستنقعات، وتؤثر على توزيع الموارد المائية، حيث تستخدم هذه المسطحات كمصادر لتوفير المياه للاستخدامات المختلفة.