تحدد العوامل التالية حجم الأحياء الدقيقة البحرية:
1- المصادر الغذائية: يعتمد حجم الأحياء الدقيقة بشكل كبير على كمية وجودة المواد الغذائية المتاحة في المياه، حيث تتغذى الأحياء الدقيقة البحرية على الطحالب والبكتيريا والفطريات والمواد العضوية الأخرى الموجودة في الماء.
2- درجة حرارة المياه: يؤثر درجة حرارة المياه على تكاثر الأحياء الدقيقة البحرية، حيث تتكاثر بشكل أسرع في الماء الدافئ.
3- تركيز الأملاح: تتأثر الأحياء الدقيقة بتركيز الأملاح في الماء والذي يختلف من منطقة لأخرى في المحيطات والبحار.
4- الضوء: يحتاج العديد من الأحياء الدقيقة البحرية إلى الضوء لإنتاج الطاقة اللازمة لنموها وتكاثرها، وتكثر هذه الأحياء في المناطق السطحية التي تصل إليها أشعة الشمس بسهولة.
5- حجم الحوض البحري: يلعب حجم الحوض البحري دورًا في تحديد كمية الأحياء الدقيقة التي يمكن أن تعيش في منطقة معينة، حيث توجد كمية أكبر من الأحياء الدقيقة في المناطق الواسعة من البحر والمحيط.
6- شدة التحريك: يحتاج بعض الأحياء الدقيقة البحرية إلى تحريك الماء ليصل إليها الغذاء والأكسجين، حيث تزدهر هذه الأحياء في المناطق السطحية القريبة من المحيطات والبحار.