هناك العديد من العوامل التي تؤثر على نجاح هندسة العمليات الحيوية، بما في ذلك:
1- فهم متطلبات العملية الحيوية والأهداف المرجوة منها.
2- التقنيات المستخدمة في تنفيذ العملية الحيوية وكفاءتها.
3- مراقبة وتحليل المتغيرات والمعطيات التي تتأثر بالعملية الحيوية وتحسينها.
4- السلامة والأمان في تنفيذ العملية الحيوية.
5- الاستدامة والحفاظ على البيئة والموارد الطبيعية.
6- الاطلاع على النتائج السابقة لتحسين العملية الحيوية.
7- توفر المواد الخام المناسبة والتكلفة المناسبة.
8- مهارات العاملين وتدريبهم على تنفيذ العملية الحيوية.
9- الموثوقية والاستدامة الفنية للمعدات المستخدمة في العملية الحيوية.
10- أهمية تصميم وتطوير عملية حيوية متكاملة.