العوامل التي تؤثر على سلوك الجزيئات في الكيمياء الفوق جزيئية هي:
1- القوى الكهربائية: يعتمد سلوك الجزيئات على القوى الكهربائية بينها، والتي تتأثر بحجم الجزيء وشحنته، وكذلك بالبيئة المحيطة بها.
2- درجة الحرارة: تؤثر درجة الحرارة على سلوك الجزيئات في الكيمياء الفوق جزيئية، حيث يزداد تحرك الجزيئات وتفاعلاتها مع ارتفاع درجة الحرارة.
3- الضغط: يؤثر الضغط على الكثافة والتركيز للجزيئات، وبالتالي يؤثر على سلوكها وتفاعلاتها.
4- الوسط الذي تتواجد فيه الجزيئات: يؤثر نوع الوسط الذي تتواجد فيه الجزيئات على سلوكها وكيفية تفاعلها، حيث يمكن أن يؤثر على قوى التفاعل والانتقال بين الجزيئات.
5- التركيب الجزيئي: يتأثر سلوك الجزيئات بتركيبها الجزيئي، بما في ذلك الاتزان الكيميائي، وخصائص الجزيئات المادية، ووظائفها التي تؤديها داخل المادة.