تواجه الكونفدرالية السياسية العديد من العوائق، منها:
1- عدم الاعتراف الدولي: فلا يعترف الكثير من الدول بالكونفدرالية السياسية، مما يجعلها تواجه صعوبة في إقامة علاقات دولية والتعامل مع المنظمات الدولية.
2- ضعف الاقتصاد: يعاني الكثير من الدول الكونفدرالية من ضعف في الاقتصاد وانخفاض مستوى الحياة، وهذا يعد عائقًا كبيرًا في تحقيق الاستقلالية والتنمية.
3- الخلافات الداخلية: تتعرض الكونفدرالية السياسية للعديد من الخلافات الداخلية والتي تتسبب في تباين الرؤى والأهداف، مما يؤثر على قدرتها على تحقيق النجاح.
4- اللغة والثقافة: تواجه الكونفدرالية السياسية بعض التحديات في التواصل بين الدول المختلفة، وذلك بسبب تباين اللغات والثقافات والتعارف بين الناس.
5- الأمن: يعد الأمن أحد التحديات الرئيسية التي تواجه الكونفدرالية السياسية، حيث تعاني بعض الدول من الأزمات الأمنية والتمردات الداخلية، مما يؤثر على الاستقرار السياسي والاقتصادي.