العقدة التي تثير الجدل بشأن نظرية التطور البيولوجي هي نظرية التصميم الذكي. وهي تُعِدُّ قاعدةً لفكرةٍ تُفتَرَضُ أن الحياة قد تم تصميمها عند الخلق بواسطة كيان خارق، وهذا يختلف تمامًا عن فكرة التطور الذي يبررها العديد من الأدلة العلمية والتي تُشيرُ إلى أن الأنواع تتغيّر وتتكيّف مع الظروف المحيطة بها. وعلى الرغم من أن نظرية التصميم الذكي ليست علميةً، إلا أنها ما زالت تُعَدُّ شائعة في بعض الأوساط الدينية والفلسفية حتى اليوم.