تواجه التجارة الإلكترونية الخارجية عدة عقبات من بينها:
1- اللغة: قد يكون هناك صعوبة في فهم اللغة الأجنبية للتعامل مع الأطراف الخارجية.
2- الشحن: تكلفة الشحن وسرعة التسليم والجمارك تعتبر عائقًا كبيرًا للتجارة الإلكترونية الخارجية.
3- الدفع: العملات المختلفة وطرق الدفع المختلفة يمكن أن تكون عقبة، على سبيل المثال بعض العملات الرقمية غير معترف بها في جميع دول العالم.
4- الثقة: قد تشعر الشركات الخارجية بالقلق إزاء عمليات الدفع وامكانية الاحتيال بالنسبة للتجارة الإلكترونية.
5- التشريعات والضرائب: قد تختلف التشريعات والضرائب في الدول المختلفة، مما يجعل الأمور أكثر تعقيدًا للشركات الراغبة في التعامل الدولي.