تواجه اتفاقات السلام والمصالحة في الصراعات السياسية العديد من العقبات، ومن أبرزها:
1- الغياب الفعال للمصالح المشتركة: في بعض الأحيان، يتم التفاوض على اتفاقات السلام والمصالحة دون وجود مصالح مشتركة بين الأطراف المتنازعة، مما يؤدي إلى عدم تطبيق الاتفاقية بشكل فعال.
2- الانقسامات الداخلية: يمكن أن تعوق الانقسامات الداخلية في الأطراف السياسية الاتفاقية ليستعدوا وينفذوا الاتفاقات.
3- عدم الثقة بين الأطراف المتنازعة: قد تؤدي عدم الثقة بين الأطراف إلى إفساد التفاوضات و الاتفاقات.
4- التعرض لظروف خارجية: قد تؤدي التغيرات الجيوسياسية و/أو الاقتصادية في البلدان المجاورة والعالمية إلى إفساد اتفاقات السلام والمصالحة.
5- عدم الالتزام والتنفيذ: يمكن أن يكون الاتفاق غير قابل للتنفيذ، لعدم القدرة على احترام الأطراف المتنازعة لتعهداتها، ولعدم وجود عقوبات فعالة تضمن تنفيذ الاتفاق.