تواجه المراحل الأولى من التطور العديد من العقبات والتحديات، ومن بينها:
1. الجينات الضارة: قد تظهر جينات ضارة أثناء التطور وتؤثر سلباً على الكائنات الحية وتعوق تطورها.
2. الضغط البيئي: قد يواجه الكائنات الحية ضغوطًا بيئية قاسية مثل التغيرات المناخية، والموارد المحدودة، والمنافسة على الغذاء والشركاء الجنسيين، مما يجعل البقاء والتكاثر أمرًا صعبًا.
3. التكيف البيولوجي: قد يحتاج الكائن الحي إلى تطوير تكيفات بيولوجية جديدة للبقاء في بيئته الجديدة، مثل التطور للحصول على هياكل أو وظائف جديدة.
4. التكاثر العشوائي: يتطلب التطور وجود تغييرات عشوائية في الجينات، وهذه التغييرات يمكن أن تكون سلبية أو غير مفيدة للكائن الحي، مما يجعل التطور واضح الاتجاه أمرًا صعبًا.
5. الانقراض: يمكن أن يحدث الانقراض بسبب التغيرات البيئية أو الكوارث الطبيعية، مما يؤدي إلى فقدان الأنواع وقطع سلاسل التطور.
6. الهجرة: يعتبر الهجرة عاملاً مهمًا في التطور، حيث يمكن أن يؤدي التنقل بين المواقع إلى فصل السلالات النباتية والحيوانية ويعوق عملية التكاثر والتطور المستقبلي.