تختلف الطوائف المسيحية الرئيسية في المنطقة من بلد إلى آخر، ولكن يمكن القول بأن الأكثر شيوعًا هي:
1- الطائفة الأرثوذكسية الشرقية: وهي الطائفة الأكثر انتشارًا في بلدان الشرق الأوسط، وتتبع بعض الكنائس الأرثوذكسية مذاهب مختلفة مثل الأرثوذكسية الروسية واليونانية.
2- الكنائس الكاثوليكية: تعتبر الكنيسة الكاثوليكية الرومانية أكبرها، وتتبعها الكنائس الكاثوليكية الأخرى مثل اللاتينية والسريانية الكاثوليكية.
3- الطوائف البروتستانتية: تشتمل الطوائف البروتستانتية المنتشرة في المنطقة على الانجليكيون والميثوديست واللوثريون والبابتيست والكنيسة الإنجيلية الحرة.
4- الطوائف الأخرى: توجد أيضًا بعض الطوائف الأخرى مثل الأرمنية الأرثوذكسية، والكنيسة السريانية الأرثوذكسية، واليهود المسيحيين التابعين للكنيسة الرومانية الكاثوليكية.