الطوائف المسيحية الرئيسية التي تمارس في إسرائيل هي:
1- الأرثوذكسية الشرقية: وتشمل الطوائف السريانية والأرمنية والكلدانية والمارونية والروم الأرثوذكس.
2- اللاتينية الكاثوليكية: وهي طائفة كاثوليكية رومانية كبرى في البلاد، وتمثل الطوائف الكاثوليكية الأخرى بما في ذلك الأرمن الكاثوليك والمارون الكاثوليك.
3- الأنجليكانية: وهي طائفة بريطانية تأسست بعد الاحتلال البريطاني لفلسطين في القرن العشرين.
4- البروتستانتية: وتشمل الكنائس الإنجيلية والمعمدانية واللوثرية والميثودية والبابتيست.
5- الأقباط الأرثوذكس: وهي طائفة مسيحية من أصل مصري تسكن في مدينة القدس و بيت لحم وغزة و طبريا.