يوجد عدة طرق لتطبيق أساليب تحليل الهيدرولوجية في هندسة المياه الجوفية، ومنها:
1- الاستخدام الشامل لبرامج الحوسبة المتخصصة في تحليل الهيدرولوجية، مثل البرامج الهيدرولوجية التي تستخدم في تحليل البيانات الأساسية ومعايرة النماذج الهيدرولوجية.
2- توجيه الدراسات الميدانية في مجالات معينة، وإجراء اختبارات هيدرولوجية ملائمة تجنب مشاكل التقليد والتحديد عن طريق الاستنتاج القوي.
3- استخدام الأدوات المخبرية، والمعايرة لتعيين المتغيرات الهيدرولوجية في البيئة الجوفية وتقدير تأثيرها.
4- استخدام نماذج الهيدرولوجية وأشكال الفخذ الهيدرولوجية بغية إدارة استجابات المناطق الجوفية لأي عامل تغير.
5- توجيه اختبارات هيدرولوجية ملائمة لتحديد المزايا والمخاطر المرتبطة بالجوف ومدى تأثيرها.