توجد العديد من الطرق المستخدمة لتحليل المياه في الموارد المائية، وهي تشمل:
1- التحليل الفيزيائي: يشمل قياس درجة الحرارة والتوصيلية الكهربائية والأشعة تحت الحمراء واللون.
2- التحليل الكيميائي: يشمل قياس الرقم الهيدروجيني (PH) والأكسجين المذاب والعكارة والسيانيد والفلوريد والنترات والنتريت وغيرها من الملوثات الكيميائية.
3- التحليل البيولوجي: تشمل قياس الببتيدات والجزيئات العضوية والأحماض الأمينية والنسب الجينية للمختلفة.
وتستخدم هذه الطرق العديد من المعدات والأجهزة المختلفة مثل الطيف الضوئي والمطياف الذري والريمانية وغيرها من الأدوات المختلفة التي تستخدم لتحليل المياه في الموارد المائية.