تعتمد طرق إعادة استخدام المياه الصناعية والشحوم في علم المسطحات المائية الداخلية على عدة عوامل مثل نوع المياه المستخدمة ونوع الصناعة وحجم الإنتاج ومكان التفريغ. ومن بين هذه الطرق:
1- التنقية البيولوجية: وهي عملية معالجة للمياه الصناعية تستخدم بكتيريا خاصة لتحويل المواد العضوية في المياه الصناعية إلى نواتج غير ضارة.
2- الترشيح الخفيف: وهو عملية إزالة الشوائب الصغيرة من المياه الصناعية باستخدام مرشحات خفيفة.
3- التبخير: وهي عملية تسخين المياه الصناعية لتبخر جزء منها والتخلص من الملوثات المتبقية.
4- البخارية: وهي عملية تخليص المياه الصناعية من الزيوت والشحوم باستخدام عملية التبخير والتكثيف.
5- التعقيم: وهي عملية التخلص من الكائنات الحية الدقيقة في المياه الصناعية باستخدام المواد المعقمة.
يمكن استخدام أي من هذه الطرق لإعادة استخدام المياه الصناعية والشحوم في علم المسطحات المائية الداخلية وتخفيض التأثير البيئي وتوفير الماء والموارد الطبيعية.