تتضمن الطرق المستخدمة في تحلية المياه الجوفية باستخدام هندسة التربة المائية:
1- القنوات المحفورة في التربة: حيث يتم حفر قناة في التربة بعمق يتراوح بين 2-6 أمتار تحت السطح وتغطية اسفلها بغشاءبلاستيكي لمنع الرشح.
2 – جدران التربة المضغوطة: وهي تتمثّل في حفر ثقوب في التربة عمقها 10-15 متر، وإقامة جدران بنظام المضغوطة (Compaction)، أي تدوس التربة بأداة مخصصة حتى تصبح متراصة وتحجز الماء.
3- حقول الترشيح: وهي تستخدم في المناطق الأريدة الرطبة، حيث يتم إقامة حقول ترشيح بوضع السدادات الجيدة (Gravel) والورق تحت السطح، ثم تغطية الأرض بغشاء بلاستيكي لمنع التبخر.
4- نظام التجميع: حيث يتم جمع مياه الأمطار من المراعي والحقول والمناطق الصناعية والمدنية في مستودعات للمياه، وتصفيتها وتحلية بنظام المعالجة المناسب.
5- نظام التحلية بالآبار الهندسية: وهي تعتمد على إنشاء آبار هندسية وتركيب معدات تصفية المياه التي يتم سحبها من الآبار وتحليتها.