تستخدم العمليات الحيوية الدقيقة (النانو) في الهندسة الزراعية الحيوية بعض الطرق التالية:
1- تحسين التغذية النباتية: حيث يمكن استخدام النانوتكنولوجيا لتصنيع الأسمدة النباتية الخاصة التي تحتوي على جزيئات نانوية لزيادة امتصاص النباتات للمغذيات وتحسين النمو.
2- الحماية من الآفات الحشرية: يمكن استخدام النانوتكنولوجيا لتصنيع المبيدات الحشرية الخاصة التي تحتوي على جزيئات نانوية لحماية النباتات من الآفات الحشرية.
3- تحسين جودة المحاصيل: حيث يمكن استخدام النانوتكنولوجيا لتصنيع المواد الخاصة التي تحسن جودة المحاصيل وتقلل من الفساد والتلف.
4- الحفاظ على الموارد الطبيعية: يمكن استخدام النانوتكنولوجيا لتصنيع المرشحات النانوية الخاصة التي تساعد على تنقية المياه والهواء والحفاظ على الموارد الطبيعية.
5- الزراعة العضوية: يمكن استخدام النانوتكنولوجيا لتطوير طرق جديدة للزراعة العضوية وتحسين جودة المحاصيل المنتجة بها.