توجد عدة أساليب لإدارة مخلفات المستشفيات، ومنها:
1- التخلص من المخلفات الطبية الخطرة: يتم التخلص من هذه المخلفات بواسطة المعالجة الحرارية أو الكيميائية، ويتم ذلك عن طريق إتباع إجراءات السلامة والصحة المهنية المناسبة.
2- إعادة تدوير المخلفات اللاخطرة: يتم إعادة تدوير بعض المخلفات اللاخطرة مثل الورق والبلاستيك والزجاج والمعادن، ويتم ذلك بواسطة شركات خاصة بإعادة التدوير.
3- التخلص من المخلفات العضوية: يتم التخلص من المخلفات العضوية مثل الطعام والأدوية الغير مستعملة بواسطة المعالجة الحرارية أو الكيميائية.
4- الحد من استهلاك الورق والبلاستيك والمواد الأخرى: يمكن الحد من استهلاك هذه المواد في المستشفيات عن طريق إعادة استخدامها، أو استخدام البدائل الصديقة للبيئة.