تحسين الإنتاج الزراعي باستخدام الهندسة الزراعية الحيوية يمكن القيام به باستخدام العديد من الطرق والأساليب، ومن أهمها:
1- تحسين الجودة الوراثية: حيث يمكن استخدام التقنيات الحيوية، مثل الجينوميك والتركيب الجيني، لتطوير نباتات معينة تتمتع بصفات محسّنة، مثل المقاومة للآفات والأمراض، أو زيادة الإنتاجية.
2- استخدام الأساليب الزراعية المتقدمة: مثل استخدام المواد العضوية في التربة أو تقنيات الري الحديثة، والتحكم في درجة حرارة البيئة المحيطة بالنباتات، وخفض مستويات تلوث التربة والمياه.
3- استخدام المنتجات الحيوية والمشتقات الأخرى: مثل الأسمدة الحيوية والهرمونات المستخرجة من النباتات، والمواد الحافظة المعتمدة على التكنولوجيا الحيوية، وتطبيق الأساليب الحديثة لإدارة المخلفات الزراعية.
4- تطبيق التقنيات المتقدّمة للتحكم في الآفات والأمراض: مثل تقنيات الأنواع المعدلة وراثيا للحصول على نباتات مقاومة للآفات والأمراض المعيّنة، وكذلك تطبيق التقنيات الحيوية للاستجابة الفورية لأي تغيّرات في الظروف الجوية المحيطة بالنباتات.
5- التحول إلى زراعة المياه: حيث يتم استخدام التقنيات المتقدمة لرصد استخدام الماء وتحسين كفاءة استخدامه، وتطوير تقنيات الري الذكي وإدارة الري المحسّنة، بالإضافة إلى استخدام المزيج المناسب من الأنواع الزراعية في حديقة مائية.