تحليل الأحماض النووية في الكيمياء الفوق جزيئية يتم عادة باستخدام الطرق التالية:
1- تحليل جليدي: وهو يستخدم لتحديد النوع والكمية للمركبات النووية ويتألف من تحضير عينة مائية متجمدة ثم التعرض لنبضات فوق صوتية شديدة لتحطيم العينة إلى أجزاء صغيرة.
2- تحليل كهربائي: وهو يعتمد على تحليل الأحماض النووية باستخدام المجال الكهربائي.
3- تحليل طيفي: وهو يعتمد على استخدام الضوء والطيفية أجهزة الاستشعار لتحليل الأحماض النووية.
4- التحليل الكروماتوغرافي: وهو يتمثل في تحليل طيفي من أشباه القطبية والأملاح العضوية للأحماض النووية.