تخضع المحاسبة الحكومية لعدد من الضوابط الداخلية التي تهدف إلى ضمان الأمانة والشفافية والمصداقية في إدارة الموارد المالية للدولة، وتشمل هذه الضوابط:
1- وجود نظام محاسبي موحد ومتكامل يتبع معايير دولية.
2- فرض الرقابة المستمرة على جميع المعاملات المالية.
3- إعداد الميزانية السنوية وتقارير المحاسبة الدورية.
4- إعداد القوائم المالية للمؤسسات الحكومية.
5- تفعيل العمليات المحاسبية الإدارية.
6- بيان مدى الامتثال لمعايير المحاسبة الدولية.
7- الاختبار الداخلي والخارجي للجرد الفعلي للمواد الاستهلاكية والمخزون.
8- تفعيل ضوابط الصرف المالي وفحص المستندات والفواتير.
9- إعداد السجلات المحاسبية وإجراء التسجيلات الدورية.
10- وجود آليات وإجراءات لتخزين وحفظ المعلومات المحاسبية لفترة معينة.