توجد عدة صعوبات يمكن أن تواجه الشركات الصغيرة عند تطبيق إدارة المخزون وحركة المنتجات، ومن أهمها:
1- نقص الخبرة: قد يعاني العاملون في الشركات الصغيرة من نقص الخبرة والمهارات اللازمة لإدارة المخزون ومتابعة حركة المنتجات، مما قد يؤدي إلى تراكم المنتجات أو نفاد بعض الأصناف وتأخر التعامل مع المشكلات المتعلقة بالمخزون.
2- عدم وجود أنظمة متكاملة: قد يفتقر البعض من الشركات الصغيرة إلى أنظمة متكاملة لإدارة المخزون وحركة المنتجات، وهذا يعني أن العاملين يقومون بتدوين البيانات يدويًا، وذلك يسبب احتمالات الخطأ في التدوين وعدم الدقة في المعلومات المسجلة.
3- الأعباء المالية: قد تحتاج الشركات الصغيرة إلى الاستثمار في بعض الأجهزة والبرامج الخاصة بإدارة المخزون وحركة المنتجات، وهذا قد يشكل عبئًا ماليًا على الشركة.
4- ارتفاع تكاليف النقل: تعتمد إدارة المخزون وحركة المنتجات على نقل المنتجات من وإلى المخازن، وهذا يتطلب نفقات إضافية في تكاليف النقل، وقد يؤثر هذا بشكل سلبي على الأرباح النهائية للشركة.
5- تغير الطلبيات: قد يتعرض العاملون في الشركات الصغيرة لصعوبات في توقع تغيرات الطلبات واحتياجات العملاء، وهذا يمكن أن يؤثر على الكميات المخزنة وسرعة تحويل المنتجات المخزنة إلى العملاء.