تشمل الصعوبات التي يواجهها المديرون في إدارة الخوادم والسيرفرات ما يلي:
1- التحديث المستمر للنظام الأساسي والبرامج.
2- مشاكل الأمن وحماية البيانات من الاختراق.
3- توافق وتنسيق البرمجيات.
4- إدارة التخزين والاحتفاظ بنسخ احتياطية.
5- تحسين أداء الخوادم والتعامل مع الاعطال والأخطاء.
