تواجه المشاريع الاجتماعية العديد من الصعوبات، ومن أبرزها:
1- نقص التمويل: تواجه المشاريع الاجتماعية صعوبة كبيرة في جمع التمويل اللازم لتنفيذ مشاريعها وتحديثها وتوسيع نطاقها.
2- المنافسة: تواجه المشاريع الاجتماعية منافسة شرسة من قبل الشركات والمؤسسات الأخرى التي تعمل في نفس المجال.
3- التحفظ والمقاومة: قد يواجه المشروع الاجتماعي مقاومة من بعض أفراد المجتمع الذين يعارضون الفكرة أو لا يؤمنون بها.
4- نقص الموارد البشرية: تعتبر الكوادر البشرية العنصر الأساسي في تنفيذ المشاريع الاجتماعية، وقد تواجه المشاريع صعوبة في جذب وتوظيف الكوادر اللازمة.
5- إدارة الوقت والمهام: تحتاج المشاريع الاجتماعية إلى إدارة فعالة للوقت والمهام لتحقيق أهدافها وتنفيذ مشاريعها بصورة مثالية.