واجه ابن خلدون العديد من الصعوبات خلال رحلته شرقا، ومن أهمها:
1- ضيق الأوقات في السفر والتحرك، وعدم توفر وسائل النقل السريعة والمريحة المثلية.
2- قدمت له الطرق والأحوال الجوية العديد من الصعاب والتحديات، حيث كانت بعض الطرق غير سالكة خلال فصل الشتاء والأمطار.
3- واجه ابن خلدون صعوبات كثيرة في التعامل مع بعض القبائل المتمردة والاحتمالات التي تهدد أمنه في الطريق.
4- تعرض ابن خلدون لمرض مزمن أثناء رحلته الشرقية، حيث كان يعاني من ألم في الأذن والتهاب الحلق، مما أثر على نشاطه وجهوده.
5- كما تأثرت رحلته بناء على الأحداث السياسية والاجتماعية والحروب التي شهدتها بلدان الشرق الأوسط خلال تلك الفترة.