تواجه المحاسبة الحكومية عدة صعوبات، ومن أهمها:
1- ضغط العمل الزائد والحجم الكبير للعمل، نظرًا لحجم المعاملات الحكومية المتزايد.
2- التعقيد الإداري والقانوني، حيث تختلف نظم المحاسبة الحكومية عن المحاسبة الخاصة في القواعد واللوائح والمتطلبات والإجراءات.
3- عدم توفر المعلومات المالية الدقيقة والشفافة التي تحتاج إليها المحاسبة الحكومية.
4- صعوبة تحديد مصادر التمويل وتحقيق التوازن المالي بين الإيرادات والنفقات.
5- صعوبة تقييم الأداء المالي والتشغيلي للجهات الحكومية، ولاسيما الجهات التي لا تُحدّد أهدافًا ذاتية.
6- عدم توفر الكوادر المؤهلة والخبرة الكافية في مجال المحاسبة الحكومية.