تواجه الإدارة الدُّنيا العديد من الصعوبات والتحديات، ومن أهمها:
1- قلة الموارد المتاحة للإدارة الدُّنيا مما يؤثر على قدرتها على تنفيذ المهام الموكلة إليها.
2- صعوبة اتخاذ القرارات الصحيحة نتيجة غياب المعلومات الكافية أو طول عملية الإجراءات.
3- ضعف التخطيط وعدم القدرة على وضع استراتيجيات محددة وفعالة تحسن من أداء الإدارة.
4- صعوبة تحفيز أفراد الفريق العاملين في الإدارة الدُّنيا، وعدم القدرة على إدارة العملية التنظيمية بفعالية.
5- تعاظم المهام الموكلة إلى الإدارة الدُّنيا دون زيادة في الموارد المتاحة، مما يصعب عليها تنفيذ المهام الموكلة إليها بشكل مرضٍ وفعّال.