الصخور الثانوية هي الصخور التي تتشكل بعد الصخور الرئيسية (الصخور النارية والصخور الرسوبية) في التاريخ الجيولوجي. هذه الصخور تتشكل عادةً عن طريق تحول الصخور الأساسية الموجودة في الأرض وتكثيفها وتغيير مكوناتها دون أن تفقد هيكلها الأساسي.
هذه العملية تحدث بشكل رئيسي بسبب الحرارة والضغط الذي يتم تعريض الصخور له خلال فترات الجيولوجيا الطويلة. كما أن النشاط التقشيري للأحوال الجوية والبيئية الأخرى يمكن أن يساعد في تعريض المواد الصخرية لعوامل التحول.
تشمل الصخور الثانوية الأكثر شيوعًا: الصخور النباتية والحيوانية (مثل الحجر الجيري والحجر الجيري المرجاني والفحم) والتراكيب الأخرى مثل الجرانيت والحجر الجيري الأسود والذي يسمى بالسليت والجير خالي الجهد.
في الدول الموجودة على شكل اصطدام نحوي بين لوحات تكتونية، فقد يتسبب هذا الاصطدام في تشكل الكثير من الصخور الثانوية من خلال الحد الأدنى من الكتلة الصخرية بين المواقع الملاصقة.