تستخدم الرسومات البيانية في الكيمياء الفوق جزيئية لتمثيل هياكل الجزيئات وعمليات التفاعلات الكيميائية. من الرسومات البيانية الشائعة في الكيمياء الفوق جزيئية:
1- الرسومات البيانية للجزيئات الثنائية الأبعاد (2D)، مثل الرسومات النسبية والرسومات الهيكلية.
2- الرسومات البيانية للجزيئات الثلاثية الأبعاد (3D)، مثل النماذج الجزيئية والتصاميم الهيكلية المتعددة الأبعاد.
3- الرسومات البيانية للعمليات الكيميائية، مثل الرسومات التفاعلية والرسومات البيانية للسرعة الكيميائية.
4- الرسومات البيانية للخواص الفيزيائية والكيميائية للجزيئات، مثل الرسومات البيانية للطيف والرسومات البيانية للتحليل الطيفي.