واجه جاليليو جاليلي العديد من الخلافات مع الكنيسة، وكان أهمها:
1- قيامه بدعوى قائلاً: أن الأرض تدور حول الشمس، وهو اعتقاد يتعارض مع تفسير الكتاب المقدس.
2- اتهامات بالزندقة، بسبب الرأي السابق.
3- عدم التزامه بقرارات الكنيسة الرسمية، وتجاهلها لرغبتهم بإيجاد حل وسط للخلافات بين الكتاب المقدس واختبارات علمية.
4- رفضه بشدة نظرية كوبرنيكوس، والتي تدعي بأن النظام الشمسي ليس مركزها الأرض وإنما الشمس.
5- إعلانه عن مزايا وحقائق علمية لم توافقها الكنيسة وإجبارهم على قبولها.
كل هذه النقاط أدت إلى عقوبة سحب إصدارات جاليليو جاليلي الراسخة ومنع تدريسها، وهي سياسة شائعة في ذلك الوقت لمن يتعارضون مع رأي الكنيسة.