تعتمد المدارس التي تستخدم منهج مونتيسوري على خصوصية إدارية وتنظيمية مختلفة، والتي تشمل:
1- الفئات العمرية: توفر هذه المدارس فصولًا تخصصية للأطفال بين سن 3 و 6 سنوات وفصولًا تخصصية للأطفال بين 6 و 12 سنة. و يقوم المعلم بعرض لوح تشريحي يوضح الأجزاء المختلفة من النظام الإنساني و كتب منهجية وقصص .
2- المعلمين: يتم تدريب المعلمين على طرق تعليمية وأساليب تربوية خاصة بمنهج المونتيسوري.
3- الفصول الدراسية: تتميز المدارس التي تستخدم منهج المونتيسوري بوجود فصول دراسية مُجهزة بالأدوات والأثاث والمواد التعليمية المناسبة لكل فئة عمرية.
4- النشاطات الدراسية: يوفر منهج المونتيسوري فرصًا للطلاب للمشاركة في أنشطة تطبيقية مثل الحدائق والمخابز وورش العمل المتنوعة.
5- الدعم الفردي: يحصل الطلاب على دعم فردي فيما يتعلق بتقدمهم الأكاديمي والتربوي، كما يتم متابعة تقدمهم بشكل دائم.
6- الذاتية: يشجع منهج المونتيسوري على تنمية الذاتية والاعتماد على الذات، حيث تُشجع الأطفال على اتخاذ القرارات الخاصة بهم والعمل بشكل مستقل.