تستخدم البيولوجيا الدقيقة تقنيات متعددة لدراسة الكائنات الحية الصغيرة مثل البكتيريا والفيروسات والفطريات والطفيليات. من أهم التقنيات المستخدمة في البيولوجيا الدقيقة:
1- المجهر الإلكتروني: وهو يسمح برؤية الكائنات الدقيقة بدقة عالية.
2- تقنيات البلمرة المتسلسلة: والتي تستخدم لتحليل الحمض النووي وتحديد تركيب الجينات والبروتينات.
3- تقنيات التحليل الكهربائي: والتي تستخدم لفصل وتحليل المواد الحيوية بناءً على خواصها الكهربائية.
4- تقنيات الأشعة فوق البنفسجية والضوئية: والتي تستخدم لتحليل المواد الحيوية بناءً على خواصها الضوئية.
5- تقنيات الطيف الكهرومغناطيسي: والتي تستخدم لتحليل المواد الحيوية بناءً على تفاعلها مع المجال الكهرومغناطيسي.
6- تقنيات الطباعة الجزيئية: والتي تستخدم لصنع شرائح صغيرة تحمل عددًا كبيرًا من الجزيئات الحيوية لتحليلها بدقة.