1- التكلفة: قد تكون تكلفة إنشاء وتطوير نظم المعلومات المحاسبية باهظة الثمن، وقد يتطلب ذلك استثمارًا كبيرًا من قبل المؤسسات.
2- التدريب: يجب على مستخدمي النظام التدريب المناسب لضمان استخدامهم الصحيح للنظام والقدرة على استخدام الأدوات المتاحة.
3- الأمان: يجب على نظام المعلومات المحاسبية أن يحتفظ بسرية المعلومات المالية المتعلقة بالمؤسسة، وتحتاج إلى حماية وتأمين من الهجمات الإلكترونية.
4- التوافق: يجب على نظام المعلومات المحاسبية أن يتوافق مع معايير المحاسبة المختلفة والمتغيرة، والتي تتطلب التحديث المستمر للنظام.
5- البيانات الضخمة: مع زيادة حجم البيانات المالية، يصبح من الصعب جدًا للمؤسسات إدارة هذه البيانات بشكل فعال ومحترف، ومن ثم يتطلب سعة الخوادم وسرعة الانترنت.
6- التحديث: يحتاج نظام المعلومات المحاسبية إلى التحديث المستمر لمواكبة التغييرات في العمل والمحاسبة، ومن ثم يحدث ذلك عادة بتكاليف جيفة.