تحديات تطبيق نظام إدارة المستشفيات تشمل:
1- التكنولوجيا: قد يواجه المستشفى عدم قدرته على تكييف التكنولوجيا والتحديث المستمر في البرامج والأجهزة الطبية.
2- الموارد: قد لا يكون لدى المستشفى الموارد الكافية في الأفراد المؤهلين والخبراء الذين يعرفون كيفية استخدام النظام بفعالية وتقديم الخدمات الطبية المرغوبة.
3- التحول الإداري: يتطلب تطبيق نظام إدارة المستشفى التحول الإداري والتغيير في ثقافة المؤسسة وإعادة هندسة العمليات والإجراءات.
4- التوافق مع المعايير الطبية: يجب على المستشفى تلبية معايير الجودة والسلامة والصحة العامة والتوافق مع الملفات الطبية الإلكترونية.
5- الأمن والخصوصية: يتطلب تطبيق نظام إدارة المستشفى الاهتمام بأمن وخصوصية المرضى والموظفين وضمان عدم تعرض المعلومات الطبية للخطر.