توجد العديد من التحديات المرتبطة بإنشاء وتشغيل التجديدات والتنظيم الإداري، ومنها:
1- تحديات الموارد المالية والبنية التحتية: قد يكون من الصعب العثور على التمويل اللازم لتمويل التجديدات والتنظيم الإداري، وقد يتعين على الشركة إجراء بعض التغييرات في البنية التحتية للتعامل مع التغييرات الجديدة.
2- تحديات التوجيه الإداري: يجب على الشركات العمل على تخطيط وتطبيق تغييراتها بطريقة مناسبة للإدارة، والتعامل مع مخاوف ومقاومة بعض الموظفين للتغيير.
3- تحديات تكنولوجيا المعلومات: يجب على الشركات الإدارة بالتغييرات التكنولوجية بطريقة فعالة وخبراء مدربين حتى تتمكن من الاستفادة الكاملة من تقنيات المعلومات الحديثة.
4- تحديات التدريب والتطوير: يجب على الشركة التنظيم على تدريب موظفيها على التغيرات والتحديات المرتبطة بها، هذا يحتاج إلى استثمار وقت وموارد كافية.
5- تحديات التعامل مع المتغيرات الاجتماعية: تتطلب التحولات التي تريد الشركة القيام بها، التعامل مع بعض المتغيرات الاجتماعية المعقدة، مثل الاهتمام بالتعدّدية الثقافية والعمرانية والجنسية والدينية.