من بين التحديات المحتملة التي يمكن أن تواجه الكونفدرالية السياسية:
1- قد يواجه الكونفدرالية صعوبة في الحصول على الاعتراف الدولي والتعامل التجاري والاقتصادي مع دول أخرى.
2- قد يواجه الكونفدرالية صعوبة في إيجاد توافق بين الدول المنضمة حول السياسات الخارجية والداخلية.
3- قد يتعرض الكونفدرالية لضغوط عنصرية وتمييزية بين الدول المنضمة، وخاصة إذا كانت هناك فروقات في الثقافة واللغة والدين.
4- قد يحدث تقارب واندماج بين الدول المنضمة، مما يعرض الكونفدرالية لخطر الانحلال.
5- قد يواجه الكونفدرالية مشاكل في الحفاظ على التوازن الاقتصادي والاجتماعي بين الدول المنضمة.