تواجه التجارة الحرة العديد من التحديات، ومن أهمها:
1- العوائد الهائلة التي تعود على بعض المنتجين والدول المتقدمة في العالم.
2- الثغرات في النظم القانونية والتنظيمية في بعض الدول.
3- التداعيات البيئية والاقتصادية للتجارة الحرة، والتي قد تؤثر على الثقة العالمية في دعم زيادة التبادل التجاري.
4- الانشغال بحماية الصناعات المحلية المحصنة، ما يؤدي إلى تعطيل التجارة الحرة وتقييد حركة البضائع والخدمات.
5- التنافس المرتفع بين الشركات والدول والذي يعطي لبعضهم ميزة على البعض الآخر.
6- الاختلافات في المستوى الاقتصادي والتقني بين الدول النامية والدول المتقدمة.
7- اختلاف التقاليد والثقافات بين الدول، والذي يعرقل بعض الاتفاقيات والمعاهدات التجارية.