تواجه المحاسبة الحكومية العديد من التحديات الفنية، ومن بين هذه التحديات:
1- تعقيد المنظومة المحاسبية الحكومية، حيث تحتوي على العديد من الأنظمة واللوائح والمعايير التي يجب اتباعها.
2- صعوبة توحيد المعايير المحاسبية الدولية في المحاسبة الحكومية، وذلك بسبب اختلاف النظم القانونية والمالية والضريبية في الدول المختلفة.
3- تحديات التكنولوجيا، حيث تتطلب المحاسبة الحكومية استخدام تقنيات حديثة ومتطورة لتحسين العمليات المحاسبية وتحقيق الكفاءة والفعالية.
4- التحديات الإدارية، مثل ضمان الشفافية والمساءلة في إدارة الموارد المالية الحكومية، وتحديد الأولويات وتخصيص الموارد بطريقة فعالة ومناسبة.
5- التحديات القانونية، حيث يجب على المحاسبين الحكوميين الالتزام بالقوانين واللوائح الخاصة بالمحاسبة الحكومية والمالية، والتعامل مع التغييرات والتحديثات الدورية في هذه القوانين.