تعتبر التعليم عن بُعد في التربية الخاصة من التحديات الرئيسية التي تواجهها هذه الفئة من الطلاب. ومن أهم التحديات:
1- قدرة الأسرة والأهل على توفير البنية التحتية اللازمة لتعليم أبنائهم، مثل الأجهزة الإلكترونية والاتصال بالإنترنت.
2- قدرة المدرسين والمعلمين على تطبيق أساليب التعليم عن بعد الفعّالة مع الطلاب ذوي الإعاقة والتحديات الخاصة.
3- المحتوى التعليمي المتاح للطلاب ذوي الإعاقة، وإتاحة التعليم الإضافي والخدمات الإضافية التي يحتاجها الطلاب.
4- توفير الدعم النفسي والاجتماعي للطلاب ذوي الإعاقة وعائلاتهم في ظل التعليم عن بعد، مثل الاستشارات النفسية والتوجيه الأسري.