تواجه هندسة الزلازل العديد من التحديات، من بينها:
1- تحديد المناطق الزلزالية: تحديد المناطق التي يحتمل وقوع الزلازل فيها ودراسة مواقع الهزات الأرضية السابقة.
2- تحديد سلوك المواد المستخدمة في البناء: دراسة سلوك المواد المستخدمة في البناء وتطوير مواد جديدة أكثر مقاومة للزلازل.
3- تصميم المباني والهياكل بشكل صحيح: تصميم المباني والهياكل بشكل يجعلها أكثر مقاومة للزلازل، ودراسة الاهتزازات والتأثيرات الزلزالية المحتملة على الهياكل.
4- معالجة المباني القديمة: تعزيز الهياكل والمباني القديمة لجعلها أكثر مقاومة للزلازل، وتحديد الأعمال التي يتطلبها تحديث المباني.
5- تطوير التكنولوجيا: تطوير تقنيات جديدة لرصد وتحليل الزلازل، وتحسين المواصفات الفنية للمعدات والأدوات المختلفة المستخدمة في مجال الهندسة الزلزالية.