تواجه الموارد المائية في المغرب عدة تحديات من بينها:
1- شح المياه: حيث تعاني بعض المناطق من نقص حاد في المياه وقلة التساقط الجوي.
2- تلوث المياه: نتيجة تصريف المياه العادمة بطرق غير صحيحة والتي تتهدد صحة الإنسان والحيوان والنبات.
3- التغير المناخي وسوء الاستخدام: مما يؤدي إلى تراجع حجم التساقطات المطرية، ويؤثر على جودة المياه ويتراجع نظام حفظها.
4- التنمية: النمو الديمغرافي والتنمية الاقتصادية تزيد طلب المياه، ويزيد الضغط على الموارد المائية.
ويتطلب التعامل مع هذه التحديات تنفيذ سياسات متكاملة لإدارة الموارد المائية وتحسين استعمالها بشكل مستدام لتلبية احتياجات النمو الاقتصادي والاجتماعي للمجتمع المغربي.