تواجه التربية الخاصة عن بعد العديد من التحديات، من بينها:
1- صعوبة التوصل إلى التقييمات الخاصة بالطلاب والتدريبات اللازمة لتطوير مهاراتهم.
2- عدم توفر المعدات والتقنيات اللازمة لمساعدة الطلاب ذوو الاحتياجات الخاصة على التعلم عن بُعد.
3- صعوبة تقديم الدعم للطلاب ذوي الإعاقات والأمراض النفسية والنمائية في بيئة تعليمية عن بُعد، وفي بعض الحالات قد يسبب هذا تفاقم حالتهم النفسية.
4- التحديات الاجتماعية والتربوية التي تواجه العديد من الطلاب ذوي الاحتياجات الخاصة، مثل العزلة الاجتماعية وعدم المشاركة في الأنشطة الخارجية.
5- قلة دعم الأهل والمعلمين والمجتمع للتعليم عن بعد للطلاب ذوي الاحتياجات الخاصة، وهذا يؤثر على مستوى التحصيل الدراسي وفرص المستقبل.