يواجه قطاع السياحة الشاطئية العديد من التحديات، ومن أهمها:
1- التنافس الشديد بين الوجهات السياحية الشاطئية في العالم، مما يجعل من الصعب للمناطق الجديدة أن تجذب السياح.
2- الاعتماد على الطقس والظروف الجوية الملائمة للسفر والاستمتاع بالشاطئ، والتي يمكن أن تتأثر بالتغيرات المناخية.
3- الأزمات الأمنية والاضطرابات السياسية التي تؤثر على السياحة في بعض الدول، وتجعل السياح يترددون عن زيارة هذه الوجهات.
4- ارتفاع تكاليف السفر والإقامة في بعض المناطق السياحية الشاطئية، وهو ما يجعلها غير ميسورة لبعض السياح.
5- قلة الاهتمام بالحفاظ على البيئة الساحلية والحرص على السياحة المستدامة، وهو ما يؤدي إلى تدهور الشواطئ وتلوثها، وبالتالي تأثير سلبي على السياحة الشاطئية.