تواجه الطلاب العديد من التحديات في التعليم الخاص عن بعد، ومن أهم هذه التحديات:
1- قد يواجه الطلاب صعوبة في التركيز والانتباه خلال الدروس الافتراضية.
2- قد يواجه الطلاب صعوبة في التفاعل مع المدرس والزملاء، وذلك بسبب عدم وجود التفاعل الحقيقي المباشر.
3- قد يواجه الطلاب صعوبة في الحصول على الدعم والمساعدة اللازمة من قبل المدرسين والمستشارين.
4- قد يواجه الطلاب صعوبة في الحصول على المواد التعليمية المناسبة والتي تلبي احتياجاتهم الفردية.
5- قد يواجه الطلاب صعوبة في الحفاظ على الانضباط والتحفيز اللازمين للتعلم.