يواجه الإنتاج الصناعي الطبي العديد من التحديات، منها:
1- التكاليف العالية: يعد الإنتاج الصناعي الطبي مكلفًا بسبب الأبحاث والتجارب الضرورية لإنتاج الأدوية والأجهزة الطبية الجديدة.
2- المنافسة: هناك شركات كبيرة ومتخصصة في صناعة الأدوية والأجهزة الطبية، وتزيد المنافسة القوية بين الشركات عندما يتم إطلاق منتج سواء جديد أو مطور.
3- تنظيمات الصحة والأمان: يجب على الشركات الالتزام بالتنظيمات المهنية والإدارية والقانونية التي تتبعها هيئات الرقابة والمراجعة.
4- الإمدادات وتوزيع المنتجات: يتطلب الإنتاج الصناعي الطبي المواد الخام والمكونات الأساسية المستوردة من أماكن بعيدة، كما يلزم تأمين نقل الأدوية والأجهزة الطبية بكل سرعة عند الطلب.
5- تطوير تقنيات جديدة: تطور التكنولوجيا والاكتشافات الجديدة المتعلقة بالطب تتطلب استمرار البحث والتطوير لإنتاج منتجات ذات جودة عالية وفعالية كبيرة.