يواجه أفراد مجتمع الميم في أفغانستان العديد من التحديات والصعوبات، ومن بين هذه التحديات:
1- قلة الدعم والاهتمام بالمجتمع الميم وعدم توفير الإمكانيات اللازمة لتطوير ونمو هذه المجتمعات.
2- عدم الاعتراف بحقوق أفراد مجتمع الميم وتعرضهم للتمييز والاضطهاد من قبل المجتمع الأفغاني الرسمي.
3- ضعف الحكومة والأمن في البلاد وعدم استقرار الأوضاع الأمنية، مما يؤثر على حرية تنقل أفراد المجتمع الميم ويجعلهم عرضة للخطر.
4- عدم وجود بيئة تشجع على التعليم والتطوير، وغياب فرص العمل المناسبة للأعضاء في المجتمع.
5- التحديات الاجتماعية والثقافية الناجمة عن تبني المجتمع المحلي لقيم وتقاليد قد تتعارض مع القيم والمبادئ التي يعتنقها أفراد المجتمع الميم.