تواجه تجارة الجملة العديد من التحديات، من بينها:
1- المنافسة المحتملة من الشركات التي تقوم بإعادة توزيع المنتجات بشكل مباشر للمستهلكين.
2- تقلبات السوق الاقتصادية والتي يمكن أن تؤثر على مبيعات الجملة.
3- صعوبة تنسيق سلسلة التوريد، وتحديداً مع الشركات الموردة للسلع.
4- الصعوبات المتعلقة بالتخزين والتوزيع والتي تتطلب إدارة الإمدادات اللوجستية الفعالة.
5- تكاليف الشحن والاستيراد والتصدير التي يمكن أن تؤثر على تكاليف المنتجات وأسعار بيعها.
6- ضغوط الزمن في العمليات اللوجستية والتي تتطلب سرعة وفعالية في المعالجة والتسليم.
7- التعامل مع تغييرات العرض والطلب والتي يصعب تنبؤها في بعض الأحيان.