توجد العديد من التحديات التي يمكن أن تنشأ عند استخدام المحاسبة المالية لاتخاذ القرار، ومن هذه التحديات:
1- قد تكون المعلومات الواردة غير كافية أو غير مؤشرة بشكل كاف لاتخاذ القرار المناسب.
2- قد يواجه المستخدمون صعوبة في فهم المعلومات المالية وتحليلها بشكل صحيح.
3- يعتمد العديد من القرارات على الطريقة التي تم جمع المعلومات المالية، ولذا فإنه يجب التأكد من صحتها وموثوقيتها.
4- قد يواجه المستخدمون صعوبة في تفسير النتائج الناتجة عن التحليل المالي، وذلك بسبب عدم توفرهم على المعرفة الكافية حول المفاهيم المالية.
5- يمكن أن يكون من الصعوبة قياس تأثير القرارات المالية في المستقبل، ولذا يجب على المستخدمين اتباع أفضل الممارسات المحاسبية وتقنيات التنبؤ الاقتصادية.