1. صعوبة تحليل تأثير العوامل الخارجية: قد يصعب تحليل تأثير العوامل الخارجية على منظمة وتغييراتها المستمرة.
2. العراقيل المادية والفنية: قد يواجه المسؤولون عن الإدارة الاستراتيجية مشكلات في توافر الموارد المادية والتقنية التي تدعم عملية التخطيط والتنفيذ والتقويم.
3. الصعوبات في الإدارة المؤسسية: قد يواجه المسؤولون صعوبات في إدارة ثقافات وقيم المؤسسات وتحويلها لمسارات جديدة.
4. المقاومة التنظيمية: قد يواجه المسؤولون صعوبات في إدارة المقاومة المحتملة من الأفراد والمجموعات داخل المنظمة.
5. الضغوط الموقعية: قد يواجه المسؤولون ضغوطًا خارجية مثل اشتراطات الحكومة أو القوانين المحلية أو المتطلبات البيئية أو أسواق المنافسة.
6. اعتماد الإدارة الاستراتيجية: قد يتطلب مفهوم الإدارة الاستراتيجية من المسؤولين عن اتخاذ القرارات إجراء تغييرات جذرية في ثقافة المؤسسة ومناهج العمل.